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Unsere Gruppe erforscht die Ökologie aquatischer Mikroorganismen und konzentriert sich dabei auf deren Artenvielfalt und ihre Verbindungen zu wichtigen Ökosystemleistungen (z. B. Stickstoffkreislauf) und für den Menschen relevanten Prozessen (z. B. Wasserqualität und antimikrobielle Resistenz), die derzeit durch den globalen Klimawandel noch verschärft werden. Unser Ziel ist es, Trends und Reservoire mikrobieller Biodiversität und antimikrobieller Resistenz in aquatischen Systemen und den darin lebenden Tieren auf regionaler bis globaler Ebene zu identifizieren. Wir verwenden groß angelegte metagenomische und genomische Ansätze in Kombination mit longitudinalen Feldstudien in gemäßigten bis tropischen aquatischen Ökosystemen und umfangreichen experimentellen Arbeiten im Labor.

Wissenschaftliche Interessen
- Mikrobiologie des Klimawandels
- Mikrobielle Ökologie, Biodiversität und Evolution
- Wirt-Mikroben-Interaktionen in Korallenriff-Ökosystemen
- Antimikrobielle Resistenz
- Biogeochemischer Stickstoffkreislauf

Laufende Forschungsprojekte
1.    Aquatische Mikrobiome unter dem globalen Klimawandel
2.    Wirt-Mikroben-Interaktionen bei Rifffischen und ihre Auswirkungen auf das Riff-Ökosystem
3.    Biodiversität und Evolution des Mikrobioms von Süßwasserschwämmen

Ausgewählte Publikationen (insgesamt 45; die vollständige Publikationsliste ist in oder ) verfügbar [* corresponding author; ^† co-first authors]

1. Ngugi DK, Salcher MM, Andrei A-S, Ghai R, Klotz F, Chiriac M-C, Ionescu D, Buesing P, Grossart H-P, Xing P, Priscu JC, Alymkulov S, and Pester M. (2023). Postglacial adaptations enabled colonization and quasi-clonal dispersal of ammonia-oxidizing archaea in modern European large lakes. , 9:adc9392.
2. Ngugi DK, Silvia GA, Sánchez P, Gasol JM, Agusti S, Karl DM, and Duarte CM. (2023). Abiotic selection of microbial genome size in the global ocean. , 14: 1384.
3. Pogoreutz C, Oakley CA, Raedecker N, Cárdenas A, Perna G, Peng L, Davy SK, Ngugi DK, and Voolstra CR. (2022). Coral holobiont cues prime Endozoicomonas to a symbiotic lifestyle. , 16:1883–1895.
4. Duarte CM, Ngugi DK, Alam I, Pearman J, Kamau A, Eguiluz VM, Gojobori T, Acinas S, Gasol JM, Bajic VB, and Irigoien X. (2020). Sequencing effort dictates gene discovery in marine microbial metagenomes. , 22:4589–4603.
5. Ngugi DK, Miyake S, Cahill MJ, Vinu M, Hackmann TJ, Blom J, Tietbohl M., Berumen M., and Stingl U. (2017). Genomic diversification of giant enteric symbionts reflects host dietary lifestyle. , 114:E7592–E7601.